江西农业大学的研究生教育始于1962年，江西农学院植保和棉花栽培专业各招收2名研究生，植保专业杨惟义教授招收了梁广勤、陈炳炎2位研究生，棉花栽培专业施珍教授招收了陈秀祈、胡家蓬2位研究生；1964年兽医药理学专业周正教授招收了阴天榜1位研究生；1965年家畜传染病学专业林启鹏教授招收了徐兰芳1位研究生。1965年经高等教育部批准，江西共产主义劳动大学总校开办了农林综合技术研究生班，探讨以集体导师共同指导培养研究生的新路子，共招收研究生12名，其中从南京林学院、中南林学院、浙江天目林学院各保送2名应届毕业生、江西共产主义劳动大学总校保送6名应届毕业生，当时从北京农业大学、北京林学院分配了4名应届毕业研究生到研究生班任辅导教师，他们分别是刘丽娟、刘瑞林、赵义芳和杨百惜。1969年9月江西农学院与江西共产主义劳动大学总校合并。1978年江西共产主义劳动大学总校恢复招收研究生，当年植物病理学、昆虫学专业各招研究生1人；1979年，动物生理学与动物生物化学专业共招生2人。1980年11月江西共产主义劳动大学总校更名为江西农业大学。1981年江西农业大学是全国首批具有学士学位、硕士学位授予权单位之一。1992年国家教委批准江西农业大学有权推荐和接收优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位；1998年经国务院学位委员会批准，获得研究生毕业同等学力申请硕士学位授权；2002年获得农业推广硕士和兽医硕士专业学位授权；2003年获得博士学位授予权，同时获批3个二级学科博士点；2004年获得高等学校教师和中等职业教师在职人员攻读硕士学位授权；2010年获得工程硕士、林业硕士和公共管理硕士学位授权；2014年获得风景园林硕士学位授权；2016年获得了教育硕士、会计硕士学位授权；2020年获得了机械硕士学位授权；2022年获得了应用经济学硕士学位授权；2023年获得了水产和资源与环境硕士学位授权；2024年获得了生物学、农业工程、园艺学、兽医博士学位授权，获得了城乡规划学、材料与化工、食品与营养硕士学位授权。目前，江西农业大学共有9个一级学科博士点，1个专业学位博士点，21个一级学科硕士点，12个专业学位硕士点。至此，江西农业大学学科建设与研究生教育事业得到较快发展。

为进一步加强研究生教育工作，研究生教育管理机构不断健全。1984年7月教务处成立了研究生科，1998年12月江西农业大学成立了研究生处，1999年研究生处成立研究生团总支，2002年研究生处成立招生科和培养科，2003年研究生处成立学科建设科，2006年研究生处成立研究生党总支，2010年成立学位办公室和专业学位办公室，2014年成立研究生资助管理中心，2015年5月研究生处更名为研究生院，2019年12月成立党委研究生工作部，2020年6月，研究生院、党委研究生工作部、MPA教育中心三个单位合署办公，设立学科建设办公室、招生就业科、培养科、研工部办公室、学位办公室（专业学位办公室、MPA教育中心办公室）5个科室。至此，研究生院的机构设置已基本健全，工作人员已有16人。

(截止2024年11月)